“山不在高，有仙则灵。”位于南京玄武湖南岸的小九华山，因为山顶有一座葬有唐高僧玄奘顶骨的三藏塔而成为佛教的一处圣地。三藏塔建于1944年，1982年被列为南京市文物保护单位。
九华山公园的大门是一座三开门的石牌坊，牌坊的匾额上书写着“九华山公园”五个大字，柱头是华表的装饰，牌坊安装着朱红大门，正门两侧摆放着石狮，整体感觉牌坊不似古物。沿石阶而上，就是位于山腰的小九华寺，寺内香火颇为鼎盛。
三藏塔建筑在一个圆形的石台上，石台南面镶嵌着三块石碑，中间一个圆形石碑记录着玄奘西行的路线图。左右两侧的石碑形制相同，石碑下面各有一个兽头。左侧的石碑记录着三藏塔的历史。右侧记录着玄奘的生平事迹和。在石台东侧树立着文物保护碑。由于三藏塔建造在伪南京政府时期，因此保护级别不高。
塔系砖建仿木结构，下筑圆形台基，塔身为四面五层，高20余米，采用的是近代工艺。但三藏塔的风格还是类似于唐代风格。塔底层各开四个半圆壶门，南门上面的青砖上刻着“三藏塔”三字。门券内嵌石边，石边雕刻花纹。底层下部四周装饰石质裙围。塔门有木质栅栏围挡。塔心室正中是一座莲花石座，石座上有一四方石匣，就是玄奘顶骨存放之地。
小九华山古称覆舟山，又称真武山。《寰宇记》载：“在城北五里，周回三里，高三十一丈，东接青溪，北临真武湖；状如覆舟，因以为名。”《舆地志》云：“宋元嘉中，改名真武山，以其临真武湖，山复有真武观故也。”后因山南麓建有小九华寺，故又称小九华山，今简称九华山。九华山因其地理位置重要，战乱时期与其东面的龙尾坡(今富贵山)同为军事要隘，乃兵家必争之地。另外，因此山西临鸡笼山，北毗邻玄武湖，山水清幽，风光绮丽，旧为上林苑之地。早在东吴时，山上就有一个西池，是太子孙登所辟，称太子湖。东晋置北郊坛于山南脚下，并辟药圃。后来，“宋元嘉中，以其地为北苑，更造楼观，改为乐游苑”。刘宋著名诗人鲍照《侍宴•覆舟山》诗云：“息雨清上郊，开云照中悬。游轩越丹居，晖烛集淳殿。”正是当时繁华的写照。
南朝的覆舟山在香火鼎盛之时，有多处寺院和名胜，如龙光寺、法轮寺、甘露亭、阆凤亭、瑶台等。李白的《鼓吹入朝曲》诗：“朝罢沐浴闲，邀游阆凤亭”即咏此。历史变迁，至解放前夕，九华山已一片凋零，“楼台荒废难留客，林木飘零不禁樵”，只剩下三藏塔和小九华寺几间禅房。
三藏塔建于1944年，因塔内葬有唐高僧玄奘顶骨而得名。塔为仿西安的兴教寺玄奘塔(大雁塔)形式，五层楼阁式青砖塔。塔每层辟有四门，一层中央小石碑上刻“玄奘法师灵骨”，塔基青石上原刻玄奘像和《西行取经图》。
玄奘法师部分顶骨归葬小九华山三藏塔有一段曲折的经历。《金陵梵刹志》载：“古迹三藏塔，唐时建在寺内左，宋天禧寺僧可政往陕西紫阁寺得唐玄奘顶骨，归塔于此。”据史载：三藏塔建于端拱元年(988年)，明洪武十九年(1386年)玄藏顶骨迁葬于寺的南冈，上建三藏墓塔，为喇嘛塔形式。永乐十年(1412年)，明成祖朱棣在天禧寺遗址上建造大报恩寺，其中琉璃塔称“第一塔”。另在三藏塔前建三藏殿。清代凌大德所绘《大报恩寺全图》中，清楚的绘制着在报恩寺的东院、禅堂正殿后面的土山上，有一座喇嘛塔形三藏墓塔，并注明“三藏塔”字样。
太平天国时期，大报恩塔毁于太平天国内讧的战火，三藏塔的上部也遭到破坏，被土覆盖。所幸三藏殿无损，至今保存完好。
1942年的初冬，侵占南京的日军部队，在三藏塔遗址上建造“稻垣神社”，挖地基时挖出一个石函，石函两面刻有文字，记载唐玄奘遗骨辗转来宁的迁葬经过。日军连夜对塔基进行发掘，并严密封锁消息，直至1943年2月3日才见披露于汪伪的《民国日报》。23日，日军因舆论所迫，在发掘的原地，由日方高森部队交给当时的伪国民政府，由伪外交部长兼文物保管委员长褚民谊接收。移交的文物中有顶骨、金佛像一座、纳骨小龛及玉饰宝、古钱等。此后决定将玄奘顶骨及石函重新安葬。初定于南门外的普德寺，后改在玄武湖边的小九华山。
1956年，小九华山辟为公园，后又重建倒塌成废墟的小九华寺。20世纪80年代初，在三藏塔东、西两侧山顶上重修了甘露亭和阆凤亭;90年代，修复三藏塔基《玄奘西行取经图》和兽头；并对公园进行全面规划整修，使小九华山绿荫葱郁，花木隽秀。站立山巅环顾，近有弯曲的古城墙、碧波的玄武湖，远眺钟山、幕府丹青影显，俯视城郭，山、水、城、林、市尽收眼底，实为金陵风景佳绝处。
